Ещё на своем декабрьском национальном съезде казахи решили создать на отряды собственной народной милиции в количестве 26 500 человек, по 30 джигитов от каждой волости. Снабжение будущих милиционеров лошадьми и обмундированием поручалось «аульным обществам», обязательства же по приобретению оружия брало на себя само правительство Алаш-Орды. Принимая во внимание такое значительное число милиционеров, некоторые исследователи полагают, что то была попытка создания отрядов национальной гвардии.

Прибывшие вместе с Букейхановым в Семипалатинск Ермеков и Байтурсынов сразу же приступили к налаживанию контактов с новой сибирской властью. В начале своей деятельности им пришлось сотрудничать с эсеровским Западно-Сибирским комиссариатом, а в июле и августе уже с областным Временным Сибирским правительством. Сразу заметим, что имевшая место политическая разнокалиберность высших органов сибирской власти сказалась на развитии отношений с казахским национальным руководством. Западно-Сибирский комиссариат довольно лояльно отнесся к претензиям казахов по образованию собственной территориально-национальной автономии, так как это вполне соответствовало программным установкам эсеровской партии.

Именно при уполномоченных Западно-Сибирским комиссариатом по Семипалатинской области Г.Г. Кафтане и Б.К. Ляховиче вышли в свет первые нормативные акты правительства Алаш-Орды, датированные 24 июня. Одним из ключевых положений этих актов являлась отмена частной собственности на землю и возвращение уже размежеванных, но не находившихся в эксплуатации для русских переселенцев, земель в обращение территориальных национальных общин казахов-степняков. Данное положение также сближало позиции Западно-Сибирского комиссариата и Алаш-Орды. Дальше О. Помозов пишет, что эсеров-интернационалистов ЗСК насторожил пункт №13 «Законодательных положений Алаш-Орды» от 24 июня, который официально извещал о том, что «все государственные налоги, падающие на население территории автономии Алаш, поступают в кассу Алаш-Орды». Также вызывало сомнение ЗСК создание Алаш-Ордой собственных национальных вооруженных сил в количестве целых двух дивизий.

Для того чтобы узнать в полном объеме о замыслах казахских националов комиссары ЗСК срочно вызвали в Омск их общего знакомого по Томску, одного из лидеров Алаш-Орды – Алимхана Ермекова. Последний являлся не только делегатом двух сибирских эсеро-областнических съездов, но и членом избранного в декабре 1917 года Временного Сибирского областного совета. Ермеков выехал в Омск 25 июня, но, пока добирался до места, власть в регионе существенным образом поменялась и перешла в руки консервативных политиков из числа сибирских областников. Из действительных эсеров у власти остался лишь Михаил Шатилов, который мало что решал в Омском правительстве, хотя и входил в Совет министров.

Временное Сибирское правительство в одной из первых своих программных деклараций ясно дало понять, что ни о какой территориальной автономии национальных меньшинств Сибири, в том числе и Степного края, оно вести речь не намерено. Другими словами, оно готово предоставить все условия для развития национального самосознания инородцев, но только в рамках национально-культурной автономии и не более того. Для Ермекова такое заявление стало полной неожиданностью, и перед ним сразу же встал вопрос: а стоит ли тогда вообще продолжать диалог с новыми краевыми властями, раз они одним росчерком пера перечеркнули фактически все нормативные акты «Законодательных положений Алаш-Орды». После некоторого раздумья и посоветовавшись с семипалатинскими однопартийцами, он решил задержаться еще на некоторое время в Омске и попробовать от имени своего национального правительства договориться с сибирским Советом министров. В соответствии с этим планом он 10 июля представил министру туземных дел М.Б. Шатилову проект политического договора между Алаш-Ордой и Временным Сибирским правительством.

В документе значились четыре пункта, в соответствии с которыми Сибирское правительство должно было признать Алаш территориальной автономией и главенство правительства Алаш-Орды над всеми казахскими национальными учреждениями, а также оказать помощь «в создании национальной армии» и предоставить Алаш-Орде крупный финансовый заем. Со своей стороны казахское правительство обязывалось временно (до вынесения окончательного решения по поводу своей автономии Всероссийским Учредительным собранием) признать подчиненность всех органов власти на своей территории Сибирскому правительству при непременном участии в решении всех вопросов представителей Алаш-Орды.

15 июля М.Б. Шатилов представил проект данного соглашения Совету министров. Однако никаких решений по прошению Ермекова принято не было. Проект сразу же положили в долгий ящик, полагаясь на то, что Алаш-Орда снимет все свои политические претензии, как это сделали большинство национальных меньшинств Сибири. Однако казахи и не думали отступать, более того, в двадцатых числа июля в Омск приехал сам председатель правительства Алаш-Орды Алихан Букейханов и привез с собой новый проект договора, еще более вызывающий по своему содержанию, чем предыдущий. Подтвердив практически все пункты документа от 10 июля, новые предложения для Временного Сибирского правительства включали требование обменяться с автономией Алаш взаимным признанием. После этого в планы Алаш-Орды входило образование федерации автономий Сибири, Алаша, Башкирии и Туркестана и в целях создания единой федеральной власти созыв конгресса депутатов автономных народов и окраин, освобожденных от большевиков.

Букейханов подал свое требование в Совет министров 26 июля. В тот же день руководитель военного совета Алаш-Орды подполковник Тохтамышев направил на имя управляющего Военным министерством генерала Гришина-Алмазова развернутый запрос по поводу оказания со стороны сибиряков незамедлительной помощи в формировании регулярных подразделений казахской национальной армии в составе 4 конных корпусов и одной отдельной дивизии. Последние - это как раз и были те 26 с половиной тысяч человек, что планировалось вооружить на основании решения II Оренбургского съезда. А 29 июля на заседании Омского областного земского собрания в присутствии министра юстиции Сибирского правительства Г.Б. Патушинского представитель казахской группы депутатов Е.И. Итбаев заявил, что население Акмолинской, Семиреченской, Тургайской, Оренбургской и Ферганской областей намерено в ближайшее время официально объявить о своей казахской территориальной автономии. Точно такой же выпад повторил в Кустанае член Всероссийского Учредительного собрания С.К. Кадирбаев. О. Помозов также предполагает, что Букейханов якобы угрожал вместе с Туркестаном отложиться от России в сторону Турции в том случае, если Сибирское правительство не пойдёт навстречу Алаш-Орде. Здесь автор книги ссылался на интервью министра внутренних В.М. Крутовского красноярской газете «Свободная Сибирь» от 7 сентября 1918 года. Это, по его словам, вполне могло решающим образом подействовать на ВСП.

В конце концов, омский Совет министров уступил такому жесткому напору со стороны представителей пятимиллионного населения казахских степей и Указом от 27 июля образовал правительственную комиссию во главе с М.Б. Шатиловым для рассмотрения предложений Алаш-Орды. 29 июля означенная группа экспертов под председательством управляющего Министерством народного просвещения В.В. Сапожникова приступила к работе и, заседая с небольшим перерывом четыре дня, вынесла в начале августа решение по данному вопросу. Букейханова за это время удалось уговорить снять предложение по созыву конгресса депутатов автономных народов и по созданию федерации окраинных автономий. Штаб Сибирской армии, в свою очередь, выполняя поручение А.Н. Гришина-Алмазова, добился от Х. Тохтамышева признания за сибирским военным руководством главенства в назначении командного состава казахских вооруженных формирований и полного их подчинения приказам и распоряжениям омского Центрального штаба.

9 августа готовый проект соглашения с Алаш-Ордой на заседании Совета министров озвучил М.Б. Шатилов. Внимательно ознакомившись с ним и посовещавшись, сибирские министры приняли решение его не подписывать. На этот раз, на мнение Совета министров повлиял один небольшой, но существенный факт. Это была приписка к проекту договора с особым мнением одного из членов правительственной комиссии А.М. Ярмоша, который указал на полную неопределенность политической ситуации и на относительную правомочность сторон заключать подобного рода договора, могущие иметь в будущем необратимые и вполне негативные последствия. Аргументы юриста Ярмоша стали весьма убедительными для Вологодского и Патушинского, к мнению которых присоединилось и большинство других членов Совета министров. Они отклонили означенный проект соглашения по основным его пунктам, оставив в силе лишь договоренности Центрального штаба Сибирской армии и военного совета Алаш-Орды по формированию вооруженных сил казахов.

Шатилов не совсем довольный принятым решением, направил проект договора еще и в адрес Сибирской областной думы, но там планировавшееся соглашение признали нуждающимся в доработке и сделали запрос Алаш-Орде прислать своих представителей в Томск для более детального обсуждения данной темы.

Примерно то же самое происходило и на западе казахских степей. Там деятели местного отделения Алаш-Орды, создавшие собственное правительство (Уильский Оляят), вступали со своими отрядами в освобожденные уральскими или оренбургскими казаками города и входили в контакт с представителями новых властей. Все было схоже с той лишь разницей, что в восточных районах алашордынцы взаимодействовали с представителями Временного Сибирского правительства, а на западе – главным образом с представителями Комуча.

И опять на новом витке гражданского противостояния алашордынцам пришлось лавировать и искать поддержки своей автономии сразу по трём адресам: у Комуча, у Оренбургского казачьего правительства атамана Дутова и у Временного Сибирского правительства и даже у Сибирской областной думы. С Дутовым вело переговоры тургайское отделение Алаш-Орды, с Сибирским правительством – восточное отделение, а с Комучем – западное, то есть правительство Уильского Оляята. В августе, потеряв всякую надежду договориться с сибиряками, с той же целью в Самару выезжали также и представители восточного отделения во главе с самим Букейхановым.

С Комучем деятелям Алаш-Орды повезло больше, чем с ВСП. Самарские эсеры после прихода к власти провозгласили право тюркско-татарских народов на национально-территориальную автономию, а не на культурную, как в Сибири. А в начале сентября Самара официально признала автономию Алаша, о чем 19 сентября сообщил печатный орган Комуча газета «Вестник Комитета членов Всероссийского Учредительного собрания». С правительством Алаш-Орды было подписано два договора - об управлении краем и военный. Согласно первому, на территории автономии действовали российские законы, изданные Временным правительством в 1917 года, а при Алаш-Орде состоял для контроля уполномоченный Комуча, но вместе с тем казахское правительство признавалось «единственным органом управления на территории автономии Алаш в пределах, представленных Алаш-Орде прав» и получало право назначать уездных и областных комиссаров. Военным договором предусматривалась неразделенность всей армии, подчинение общему командованию, то есть военному руководству Комуча. При Алаш-Орде организовывался особый военный отдел, руководитель которого назначался правительством Алаш-Орды и утверждался Комучем. Что касается финансовой поддержки, то на развитие автономии казахов Комуч выделил 3 миллиона рублей.

Таким образом, становится вполне очевидным тот факт, что Сибирское правительство заняло в вопросе о национально-территориальной автономии казахов самую осторожную позицию. И даже в военном вопросе оно решило ограничиться удовлетворением лишь формального минимума из всего того, о чем просила Алаш-Орда. Так, несмотря на готовность алашордынцев сформировать несколько конных корпусов, сибиряки вооружили лишь один конный полк. В то же самое время, Оренбургское войсковое правительство снарядило два казахских национальных полка, а Комуч профинансировал создание Малым жузом целой Народной армии, состоявшей на начальном этапе тоже лишь из одного конного полка, но уже в ближайшей перспективе общее количество вооруженных сил Уильского Оляята планировалось довести до 2 тысяч человек. Сибирское же правительство к концу августа-месяца вообще прекратило выделять деньги на содержание вооруженного подразделения семипалатинских алашордынцев.

Вдобавок к этому 22 августа омский Совет министров высказался категорически против того, чтобы представители Алаш-Орды приняли участие в Уфимском государственном совещании всех противобольшевистских сил (проходило с 3-го по 21 сентября), чего добиться так и не удалось. Алашордынцы присутствовали в сентябре в Уфе, но на правах лишь своего рода статистов. Все основные вопросы на Совещании решали, по признанию самих казахских националов, «комитетчики (члены Комуча) и сибиряки». Правительство Директории, выбранное на государственном совещании, хотя и признало права наций на автономию, но уже в начале ноября временно приостановило деятельность всех областных, казачьих и национальных правительств. А пришедший через две недели к власти А.В. Колчак издал постановление о полном упразднении данных правительств, в том числе казахского. В ответ западное отделение Алаш-Орды телеграфом уведомило Омск, что не собирается подчиняться такому решению и даже пыталось некоторое время сохранять относительную самостоятельность.

Забегая вперед, важно отметить, что в апреле 1919 года всем членам партии «Алаш», «запятнавшим себя сотрудничеством с белыми», от лица Советского правительства вышла полная амнистия. После этого в декабре того же года, видя надвигавшийся крах колчаковщины, многие из деятелей казахского национального движения стали переходить на сторону большевиков, а некоторые даже вступили в их партию. Все это делалось, в том числе, для того, чтобы добиться долгожданной автономии для своего народа, которая была официально объявлена в августе 1920 года в формате национальной республики в составе РСФСР.