Тогда, осенью 1922 года, ему пришлось покинуть пост секретаря КазЦИК в Оренбурге, и он отправился в Ташкент, где помимо работы в журнале «Шолпан» он был вольнослушателем Среднеазиатского Туркестанского университета. Там же он однажды выступил с докладом о необходимости изучения старинного памятника народного фольклора Центральной Азии - эпоса «Манас»

Для исключенного из партии человека это были весьма серьезные заявления. Особенно, если учесть, что на собрании присутствовали заместитель наркома по делам национальностей РСФСР Турар Рыскулов и инструктор ЦК ВКП(б) по национальным вопросам Султанбек Кожанов.

Выступление Ауэзова не осталось незамеченным. Уже весной следующего 1923 года, известный в то время фольклорист, этнограф и историк Абубакир Диваев предложил молодому Ауэзову принять участие в научной экспедиции в Чингизскую волость Каркаралинского уезда для сбора сохранившихся рукописей Абая. Отметим, что участие в этой экспедиции также принимали Халел Досмухамедов и Магжан Жумабаев, которые совсем недавно были активными деятелями политической партии «Алаш». Все были страшно увлечены изучением бездонного и бескрайнего океана народных знаний. Ауэзов уже тогда четко понимал какие несметные богатства еще только предстоит найти и представить миру. Позже он писал:

«Читать о прошлом приходилось в потускневшей, ослабнувшей памяти моих престарелых собеседников. Многое приходилось оживлять своими догадками, расшифровывать путем сопоставления с рассказами другого собеседника. С этими воспоминаниями приходилось обращаться бережно и осторожно, как запоздалый путник, отыскав в пепле костра, оставленного давно ушедшим караваном, тлеющий уголек, бережно и осторожно раздувает его, вызывая своим дыханием огонь»

С целью сбора материалов об эпосе «Манас» в 1928 году Мухтар Ауэзов приехал в город Фрунзе, столицу советской Киргизии. К этому времени имя Ауэзова было широко известно. К 30-ти годам он уже являлся действительным членом Восточно-сибирского отделения Российского географического общества, известным драматургом и педагогом. Его произведения и публицистика широко обсуждались в среде интеллигенции. Именно в этом году вышел в свет его знаменитый роман «Қилы заман». Кроме того, Мухтар Омарханович уже был известен как крупнейший специалист по изучению древнего эпоса. Это подтверждает тот факт, что именно ему было поручено написание фундаментального научного труда по наследию «Манаса» сектором манасоведения научно-исследовательского института.

Говорят, что Мухтару Ауэзову посчастливилось встретиться с великим манасчи Сагынбаем Орозбаковым. Об этом рассказывала дочь манасчи Базаркула Даниярова Кутпа, но в действительности историки полагают, что они не виделись, о чем Ауэзов, безусловно, очень сожалел. Ему удалось побеседовать с тогда еще молодым манасчи Саякбаем Каралаевым, одним из двух людей тогда, знавшим наизусть все три части легендарного произведения. Бытует мнение, что, прослушав проникновенный плач Каныкей в исполнении Саякбая, Мухтар зарыдал. Он был действительно тронут проникновенностью сказителя и тогда он сказал: «Если тебя не станет Саякбай, человечество потеряет бесценную реликвию».

Во время работы Ауэзов неоднократно устраивал публичные выступления многих манасчи и каждое выступление записывалось и тщательно сопоставлялось. Так из сказаний выкристаллизовывался литературный вариант бессмертного творения.

Мухтар Ауэзов сыграл решающую роль в судьбе эпоса «Манаса» в советскую эпоху. Эта роль становится куда более ценна, если учесть, что многие люди, которые наряду с Ауэзовым впервые начали собирать информацию об эпосе, в т.ч. Ишеналы Арабаев, Евгений Поливанов, Касым Тыныстанов, в конечном итоге были расстреляны. Мухтар Ауэзов также был в самом эпицентре этих процессов, но репрессивная машина обошла ученого стороной.

В истории советского Казахстана начало 1930-х годов ознаменовано началом коллективизации и индустриализации. В этот период, 1 октября 1930 года, Мухтара Ауэзова арестовали. Его обвиняли в связях с организацией молодых писателей «Алка» и националистами из партии «Алаш», из-за чего он более двух лет провел в заключении. Во время обысков у него изъяли все рукописи, среди которых была и готовящаяся к публикации монография по эпосу «Манас».

После освобождения Ауэзова, на страницах газеты «Казахстанская правда» 10 июня 1932 года появилась статья Мухтара Омархановича, в которой он «осознает» совершенные ошибки и «осуждает» свое литературно-политическое прошлое. Власть обозначила это заявление как акт покаяния ученого.

Вслед за освобождением Ауэзов по совету своего друга поэта Ильяса Жансугурова начал трудиться над исследованием творчества Абая Кунанбаева. Результатом этой работы стал сборник «Абай Құнанбайұлы толық жинақ», выпущенный в 1933 году. Параллельно он занимался написанием пьес для казахского музыкального театра.

В 1935 году Мухтар Ауэзов вернулся к идее изучения эпоса «Манас». В том же году он принял участие в совещании по пропаганде народного наследия, во время которого не раз поднимался вопрос о переводе эпоса «Манас» на русский язык. По итогам совещания, руководство Киргизской республики даже запланировало научную конференцию по проблемам изучения эпоса «Манас», на которой должны были выступать профессоры Тыныстанов, Поливанов и Мухтар Ауэзов.

Между тем, совсем скоро появились «патриоты», которые встали на страже идеологической чистоты народа, задаваясь вопросом, кого на самом деле воспевали манасчи: манапов или простой народ? Дело в том, что марксистская точка зрения предполагала, что Манас был правителем и воином, а значит баем и феодалом. В ходе яростных дискуссий было принято решение опустить в эпосе религиозное наслоение и перевести на русский язык отрывок, в котором Манас объединил народ и основал киргизское государство. В том же 1935 году был объявлен конкурс на литературный перевод эпоса, трое московских переводчика взялись за перевод эпоса, но против окончательного варианта перевода выступили как Тыныстанов, так и Поливанов. Они обвинили переводчиков в искажении главной мысли эпоса.

Сомнительно, что основная проблема того времени была в некомпетентности переводчиков. Скорее, дело было в узкомыслии партийной номенклатуры. Но именно они уже заклеймили «Манас» как произведение, пропагандирующее идеи пантюркизма, религиозности и феодализма.

В 1937 году начались массовые аресты. За непродолжительный период была выкошена основная интеллигенция во всех республиках Советского Союза. По обвинению в принадлежности в Социал-туранской партии был обвинен с отбыванием каторги Базаркул Данияров, педагог-просветитель, друг и сподвижник Ауэзова. Он был отправлен в специальную тюрьму для политических узников в Свердловской области, откуда так и не вернулся. Кроме него, были осуждены и расстреляны Арабаев, Тыныстанов, Торекул Айтматов и многие другие. Есть сведения и о том, что в расстрельных списках присутствовала фамилия Мухтара Ауэзова, к тому моменту дважды судимого. Существует мнение, что он избежал расстрела только лишь потому, что еще в его бытность председателем Семипалатинского губисполкома должность начальника отделения ВЧК тогда занимал Николай Ежов. Именно через него с 1936 по 1938 гг. проходили расстрельные списки. Он, по мнению исследователей, тогда решил приберечь Ауэзова на потом, что спасло жизнь ученому.

Сразу после войны партийное руководство приняло решение выдвинуть эпос «Манас» на соискание государственной награды. Это было предпринято с целью поднятия духа людей, уставших от разорительной войны. Как итог, в свет выходит тот же самый вариант перевода, который был сделан в 1930-х. В 1946 году заведующий сектором манасоведения академик АН Кыргызстана Ташим Байджиев написал о необходимости выпуска второго тома эпоса для восстановления более объективной картины, но его никто не услышал. А в августе 1946 года выходит знаменитый доклад Андрея Жданова, в котором осуждались работы ряда литературных критиков и поэтов-писателей. Опричники Жданова наткнулись на работу по эпосу «Манас», рассудив главного героя как агрессора и захватчика. В итоге, эпос вновь был обвинен в пропаганде агрессии.

Ситуация ухудшалась и тем, что в этот период СССР сумел привести к китайскому престолу лояльного себе человека Мао Цзэдуна, что позволило установить дружеские отношения с китайским государством. С другой стороны, эпос «Манас» рассказывал о покорении Китая Манасом. Этого было достаточно, чтобы обвинить просветителя Ташима Байджиева в «буржуазном национализме» и приговорить к 10 годам лагерей в Карлаге. В 1952 году он скончался от истощения организма и инфаркта миокарда.  

Между тем, на июнь 1952 года в столице советской Киргизии должна была состояться дискуссия по изучению эпоса «Манас», на которой должен был присутствовать Мухтар Ауэзов. События, предшествовавшие этой дискуссии, были тревожны для ученых. Особенно для Мухтара Омархановича, ведь буквально в 1951 году он подвергался гонениям, в прессе выходили статьи, обвинявшие его в наличии ошибок националистического и социалистического характера в изданном им сборнике казахских народных сказок. Его обвиняли в восхвалении султанов и ханов.

Ауэзов понимал, что совещание во Фрунзе организовано не просто так. Партийная идеологическая машина была неспособна отформатировать в своих клише такую глыбу как «Манас». В ином случае, он должен был быть отредактирован в строго идеологическом русле, либо уничтожен. Для этого достаточно было навесить ярлык «феодально-байский пережиток», обвинить в национализме, либо найти следы пантюркизма.

Перед дискуссией по эпосу Манас в 1952 году партийная пресса в течение некоторого времени публиковала серию статей по теме. В каждой из них муссировался вопрос о том, насколько народен эпос, нужно ли сохранять груз седых времен, рассказывающий о феодально-байском прошлом. Об этих днях Чингиз Айтматов вспоминал:

«Шла огромная дискуссия. Это была акция политического, идеологического характера, связанная с дискредитацией великого народного эпоса Манас. Я сам в то время еще студент, учился в сельскохозяйственном институте. Идет кампания против эпоса Манас, идет насаждение, что это антинародная, феодальная поэзия. То есть это классовый, идеологический, политический подход к тому, что возникло, что жило в среде киргизского народа как высшее культурное его достояние тысячелетие до этого. Как сейчас помню, в зал КирФАНа (прим. Киргизский филиал Академии наук) народ не вместился – залы тогда были небольшие. В вестибюле при входе в фойе невозможно было пройти.

Я увидел незнакомого мне человека, незнакомую личность, который с первого взгляда произвел на меня огромное впечатление. Со лбом мудреца, сам очень видный и колоритный человек. Сам я и не знал, что это Ауэзов.

Шла потрясающая борьба мнений. Одни стараются утвердить официальную версию того, что эпос Манас антинароден и на этом, может быть, самим заработать свой политический вес. Других было меньше, у них и позиции были слабее, говорили, что нельзя сходу отвергать того, что досталось издревле»

Перелом в процессе полемики наступил, когда слово предоставили Мухтару Ауэзову. Он высказал свое мнение о необходимости изучения и издания «Манаса», а в довершение выступления сказал:

«Бытуя в советскую эпоху, разве «Манас» уже не очистился от скверны, которую пытались прилепить к нему? Где вы видите теперь «Манаса» пантюркистов, панисламистов, сторонников газаватов? В сегодняшнем восприятии советского киргизского народа разве живет хан Манас, а не просто богатырь? И разве сегодняшнее отношение киргизского народа не связано с прежним подлинно народным отношением к «Манасу» - богатырю, носителю народных черт, а именно героизма, чести, доблести, благородства, любви к Родине и т.д.? Ведь не могло и быть иначе.

Решая вопрос о «Манасе», о том, нужен он советскому народу или нет, мы должны помнить и другое немаловажное. Ведь сюда, как в единственный памятник прошлого духовной культуры киргизского народа, стянулось, влилось очень и очень многое, многое из словесно-речевой, поэтической, в целом, духовной культуры народа.

Все сказанное говорит о том, что «Манас» нужен советскому киргизскому народу как ценный памятник его прошлого. И «Манас» должен быть издан, изучен»

Эта конференция стала знаковой. Ее участники пришли к заключению, что эпос «Манас» – народное произведение, которое от начала и до конца возвеличивает и поет о трудящемся народе, о его исторических подвигах.

Но последствия не заставили себя долго ждать. По убеждению большинства, все наследие прошлого должно быть подвергнуто глубокой ревизии. Все чуждое, по их мнению, должно быть забыто. Воспевать же необходимо только то, что, по их мнению, соответствует пресловутому принципу партийности. Так, в апреле 1953 года эстафету ревизии поэтического фольклора подхватывает Алма-Ата. В Союзе писателей состоялась развернутая дискуссия на тему соответствия народно-эпических поэм современным требованиям. Дискуссия вылилась в травлю устного народного творчества, а значит и его сторонников:

«В ошибках Института языка и литературы безусловно повинны и руководители Академии наук Казахской ССР, в частности, тт. Сатпаев, Кенесбаев, Сауранбаев, Ауэзов. Эти товарищи не сумели вовремя вскрыть ошибки, сделать большевистские выводы и дать правильное направление в работе Института…»

Ауэзову в этот период вновь ставили в вину недостаток гражданской бдительности, его уволили с преподавательской должности за «буржуазно-националистические ошибки» и вывели из коллектива авторов многотомной «Истории Казахской ССР». Ко всему прочему, его и Каныша Сатпаева планировали арестовать, но во избежание ареста, им удалось скрытно уехать в Москву. Олжас Сулейменов рассказывал, что благодаря заступничеству членов Союза писателей СССР Ауэзову не было предъявлено обвинений. После эмиграции в Москву Ауэзов начал активную преподавательскую деятельность в МГУ, принимал участие в становлении только что созданной кафедры литературы народов СССР.

Такова была роль Мухтара Омархановича Ауэзова в истории сохранения памятника устного народного творчества Киргизии. Эпос «Манас» существовал многие столетия, но именно усилиями Ауэзова и других исследователей он сумел пережить эпоху, когда ему действительно угрожало забвение. Интересно, что правительство советской Киргизии позже наградила Ауэзова за его заслуги и в 1957 году выделило ему небольшой участок земли, на котором писатель построил дачу. Он любил говорить, что если бы судьба подарила ему вторую жизнь, то он обязательно прожил бы ее на берегу Иссык-Куля.