Основными направлениями деятельности Института являются фундаментальные и прикладные исследования в области археологии. Разработка и реализация планов основных направлений фундаментальных научных исследований, изучение закономерностей исторического процесса на территории Казахстана на основе комплексного исследования археологических культур и памятников от эпохи палеолита до средневековья. Особое место в научной деятельности института занимает учет, сохранение и использование памятников историко-культурного наследия; осуществление научных экспертиз по профилю деятельности Института.
Научные направления:
- изучение антропогенеза, происхождение человека и ранних этапов культуры в Казахстане;
- изучение культуры номадов от сложения кочевничества до его развития в динамике, до эпохи Казахского ханства;
- изучение взаимодействия оседлых цивилизаций и кочевых культур в древности и средневековье, в частности, решение вопроса о начальном этапе протогородской цивилизации Казахстана в контактных зонах оседлости и кочевания и обитания кочевников;
- вопросы урбанизации средневековых городов, исследование городской структуры, строительства и архитектуры, функций города в разрезе ремесла, торговли и денежного обращения, сельского хозяйства, идеологии, демографии, социальных отношений, технологического прогресса;
- изучение памятников археологии, древнего искусства и архитектуры;
- проблемы изучения, учета, сохранения и использования памятников историко- культурного наследия;
- издание научных трудов, периодических и серийных изданий;