Обостряя рельеф, увеличивая пересеченность его, тектонические процессы создают предпосылку для усиленной деятельности проточных вод, сливающих мелкозем со склонов, перенося его вниз по течению. Горообразование и параллельные ему денудация и аккумуляция характерны для горных районов Западного Туркестана.

В первой трети ХХ века можно было ехать вдоль северного берега Иссык-куля. Около его восточной оконечности, там, где дорога связывала город Каракол с центром Кыргызстана – Бишкеком и заворачивала на юг, можно было заметить несколько длинных узких бухт, открывающихся в Тюпский залив, оканчивающийся на востоке устьем реки Тюп, а на западе раструбом переходящим в открытое «море» (как говорило тогда местное население).

Оконечность западной, более короткой ветви Монастырской бухты. На заднем плане ровная поверхность Тюпской равнины, а за ней справа южный склон Кунгея. Вид с востока на запад.

Иссык-куль. Северо-восточный берег. Монастырская бухта. Вид с севера на юг. На горизонте в дымке силуэт Сухого хребта, отделяющего Тюп от Джаргаланского залива.

Дельта реки Джаргалан. Вид с высокого северного берега на юг. Пристань села Михайловки расположена по соседству, правее (за пределами фотографии).

Меандры в нижней части долины реки Джаргалан.

На севере находились бухты Коммунара, Колотилина, Круглая, Рогатая, Монастырская, Широкая, Кумина, Джанатинская, Ильина, Кулагина, Измаиловская и Калганов лог. На юге же - затоны Емельянов, Чистый, Широкий.

Все они располагались на очень ровном, очень слабо наклоненном с востока на запад и от залива к горам пространстве Тюпской равнины, сложенной речными наносами. Поверхность Тюпской низменности возвышалась на несколько метров (ниже или выше, в зависимости от места) над уровнем воды. Следовательно, отложение наносов, сформировавших Тюпскую низменность, происходило при более высоком положении уровня озера, нежели сейчас.

Наносы давала как река Тюп, так и небольшие речки, стекавшие с соседнего хребта Кунгей Алатау. Их конусы выноса, сливаясь своими периферическими частями, незаметно переходили в поверхность Тюпской равнины, усложняя ее рельеф.

Почти до самой оконечности Тюпского залива ходили пароходы. Здесь можно было наблюдать, как постепенно, по мере заполнения восточного конца залива принесенным рекой твердым материалом – дельта Тюпа все более и более выдвигалась к западу. 

Если сравнить состояние устья Тюпа 1934 года со старыми картами, то получалось, что примерно за 60 лет дельта реки заметно передвинулась на запад. На месте прежнего восточного конца залива были заросли кустарников, луга и болота. Небольшой, узкий заливчик на юго-востоке от села Тюп, Емельянов затон, стал короче, нежели он был прежде. 

Увеличение дельты происходит «на глазах». Еще А.Н. Краснов писал в 1888 году: «за последние 15 лет поселок Преображенский (он же Тюп),  застроенный на самом берегу, отодвинулся на 0,5 версты». Об этом же сообщал В.В. Бартольд в 1897 году. Это явление связывалось с «усыханием» озера, что, однако, было неточно, так как решающая роль здесь принадлежала накоплению речных наносов. Тюп не был исключением. Южнее, по ту сторону Сухого хребта, тянулся с запада на восток Джаргаланский залив. С востока в него впадала река Джаргалан, а на западе, рядом с урочищем Койсара, переходила в открытое водное пространство озера. Дельта Джаргалана имела очень правильные очертания и быстро выдвигалась на запад. 

Выше своей дельты река Джаргалан текла между высокими террасами коренного берега, по аллювиальной долине шириной до 2 км и образовывала многочисленные меандры. Падение здесь было очень невелико. Река блуждала среди собственных отложений в пределах своей долины, обнаруживая морфологические черты зрелости. 

Как образовались Тюпский залив с его бухтами и затонами и Джаргаланский залив? Все их строение говорит за эрозионное происхождение. Ранее сформировавшаяся Тюпская низменность позднее была промыта проточными водами ручьев и рек, существующих и поныне. Это могло произойти только в результате понижения уровня воды в озере (или поднятия суши в этом районе). Устьевые участки долин получили резкий уклон в сторону озера, увеличилась скорость течения, а, следовательно, и размывающая сила воды. Ровная поверхность Тюпской низменности оказалась рассечена глубокими долинами на разобщенные участки и только их одинаковая высота (если не вникать в детали строения) осталась свидетельством единого происхождения.

После этого уровень Иссык-куля снова повысился. Воды озера хлынули на сушу и затопили образовавшиеся до этого узкие и глубокие долины. Образовались заливы, бухты и затоны. Повышение уровня озера было довольно быстрым. Оказались затоплены некоторые поселки. Недалеко от урочища Койсара, против устья Джаргаланского залива, под водой видны были развалины затопленного города, а береговая линия в этом районе была крайне своеобразна. 

Когда-то здесь была нормальная, слабо размытая поверхность Джаргаланской равнины. Затем она была затоплена. Течения обходили это место и не оставили песчаных отложений. Прежний рельеф несколько заплыл, сравнялся, но к моменту выхода из-под уровня вод еще сохранил признаки обработки его проточными водами. И развалины города против Койсара сохранились лишь потому, что аккумуляция песчаных наносов происходила в другом месте, вдоль берега Сухого хребта.

Находки старинных монет приводят к выводу, что затопление города произошло не ранее ХІІ в. - т.е. лет 900, а, может быть, и менее назад. С этого времени образовался Тюпский залив со своими затонами и бухтами, и Джаргаланский залив. В течение около 900 лет (а, может быть, меньше) сформировалась аллювиальная долина Джаргалана, по которой река течет, образуя свои меандры. Современная аллювиальная долина резким уступом переходит в более высокую и более древнюю, отвечающую поверхности Тюпской и Джаргаланской равнин. Между их образованием и современностью вклинивается период сильного понижения уровня озера. Хронологически этот период падает на время до ХІІ в., быть может, несколько позднее.

Становится понятным, почему Тюпский и Джаргаланский заливы быстро увеличивали свою глубину от устья впадающих в них рек. Впадая в залив, воды рек теряли скорость и осаждали приносимые сверху песчанистые наносы, образуя дельту. Первоначальный рельеф затопленных долин нивелировался лишь в устьях рек, сохраняя свои основные черты в удаления от них. Исследователи единодушно отмечали резкие колебания глубин в разных частях заливов. Этого не могло бы быть, если бы рельеф дна определялся аккумуляцией. Этого не было видно там, где озерные течения образовывали песчаные косы и отмели (например, по южному и северному краю Сухого хребта). Типичный эрозионный рельеф, погруженный под уровень вод Иссык-куля - одна из его, парадоксальных на первый взгляд, особенностей.

Однако ничего парадоксального нет. Очевидно, что земная кора в бассейне Иссык-куля была подвижна, и ее колебания вверх и вниз, обусловливая трансгрессии и регрессии озера, были вполне достаточны для понимания описанных здесь явлений. Но, может быть, озеро усыхало? Мы могли бы говорить об этом, наблюдая признаки одних и тех же изменений береговой линии во всех частях побережья. Однако этого не было. Больше того, значительная часть северного и северо-восточного побережья носила следы прогрессивного отступания вод Иссык-куля. Следовательно, дело в движениях земной коры, а не в колебаниях водного баланса Иссык-куля.

Говорит ли все это против изменения в количестве водных запасов, какими располагал бассейн Иссык-куля? Нисколько. Запасы воды в бассейне могут увеличиваться или уменьшаться, но судить об этом по изменениям береговой линии можно только в том случае, когда учтено и элиминировано влияние движений земной коры.

Нарисованная выше картина последовательных движений земной коры в районе Тюпской низменности позволяет реконструировать картину этого района в момент наибольшего понижения уровня озера, т.е. примерно за 1000 лет назад. Устье реки Тюп было тогда много западнее своего настоящего положения.

Речки Курменты, Большой Сарыбулак, Малый Сарыбулак и Шаты, стекающие на юг со склонов хребта Кунгей-Алатау, тогда были притоками Тюпа в его предустьевой части. Ныне каждая из них впадает самостоятельно в Тюпский залив, образуя перед устьем глубокие бухты: так, Монастырская бухта принимает в себя реку Курменты, Калганов лог - реку Шаты и т.д.

Бухт больше, чем рек. Есть основание думать, что последние, покидая ущелья, блуждали в пределах собственных конусов выноса. Русла могли неоднократно меняться, изменяя и пункты впадения рек в озеро. И сейчас речка Курменты, впадая в Монастырскую бухту, имеет рукав, соединяющийся с Малым Сарыбулаком, и этот последний, в свою очередь, имеет два устья.

За исключением Тюпа речки системы Тюпского залива были очень малы. Только во время дождей да в периоды таяния снегов они несли больше воды, получая способность производить работу эрозии и аккумуляции.

Только способностью проточных вод можно объяснить существование в течение сотен лет геоморфологических фактов, созданных при совершенно иных условиях: эрозионного рельефа под водой, да еще среди берегов, сложенных рыхлым аллювием.

Вся совокупность фактов, касающихся Джаргалана и Тюпа, говорит за то, что этот район потерпел несколько фаз, сохранивших о себе напоминание в современной морфологии:

1) наиболее древняя; период образования Тюпской и Джаргаланской равнин;

2) более новая; период наибольшего понижения уровня и усиленной эрозии наносов предыдущей фазы;

3) еще более новая; период нового повышения уровня, но несколько ниже первой фазы; образование заливов, бухт, затонов;

4) современная; слабое понижение уровня; заполнение заливов, бухт, затонов аллювием.

Устье Тюпа также передвигалось: сначала оно было восточнее места современного села Тюп, затем ушло километров на 20 к западу; вновь отодвинулось на восток и ныне медленно отходит к западу в связи с ростом дельты. Подобно тому, как реки Курменты, Шаты, Большой и Малый Сарыбулак были раньше притоками Тюпа, и Джаргалан принимал в себя реки Ирдык и Каракол. Ныне они самостоятельно впадают в Джаргаланский залив.