С июля 1941 года и до последних дней жизни Сатпаев был бессменным директором Института. Его имя неразрывно связано с историей становления промышленности и науки Казахстана. К.И.Сатпаев – первый геолог-казах, открывший стране огромные запасы меди Джезказгана и марганец Джезды; организатор и первый президент Академии наук Казахстана, неустанно заботившийся о расцвете казахстанской науки и ее максимальной практичной отдаче; первый академик Академии наук СССР из республик стран советского Востока; мудрый наставник молодежи, заботливо растивший научные кадры.
К.И.Сатпаев любил свой институт, гордился им и постоянно оснащал его новейшим оборудованием.
Накопленный Институтом кадровый потенциал и огромные фактические данные позволили выделить из его состава:
1. Институт горного дела (в 1945 г.),
2. Институт химии (в 1945 г.),
3. Институт металлургии и обогащения (в 1946 г.),
4. Институт гидрогеологии и гидрофизики (в 1965 г.),
5. Институт сейсмологии (в 1976 г.).
Итогом исследований первого поколения выходцев Института стало создание первой геологической карты Восточного Казахстана, и крупной монографии «Восточный Казахстан» опубликованной в 1941 г. в виде 20-го тома «Геологии СССР», под редакцией Н.Г. Кассина. Это выдающееся достижение в познании геологии Восточного Казахстана, в 1946 г. отмечено Государственной премией СССР.
В послевоенные годы в Институте стали активно развиваться все направления геологической науки - металлогения, палеонтология, стратиграфия, геотектоника, минералогия, геохимия, геофизика, гидрогеология.
В 60-70–ые годы Институт геологических наук стал флагманом геологии Казахстана. Казахстанские геологи впервые составили металлогенические и прогнозные карты Центрального Казахстана, некоторых районов Рудного Алтая и Калбы, не имевшие в то время аналогов в мировой практике по комплексности, детальности и полноте обоснования.
60-90 гг прошлого века стали периодом открытия и разведки целой серии редкометалльных объектов в Центральном (Коктенколь, Верхнее Кайракты, Байназар, Селтей, Жанет, Батыстау и др.), Южном (Богуты, Карагайлыактас), а в последствии и в Северном (Баян, Аксоран, Сырымбет, Донецкое) Казахстане.
Комплексное изучение Успенской зоны завершилось выделением крупного рудного пояса. Результаты исследований были опубликованы в шеститомной монографии, удостоенной Государственной премии Казахской ССР (1972 г.).
В последующие годы (1974-1979 гг.) были организованы исследования Чу-Илийского рудного пояса совместно с большим коллективом геологов АН КазССР и Министерства геологии КазССР. Результаты этих работ отражены в опубликованной шеститомной монографии, и вместе с другими работами Института были удостоены Государственной Премии СССР за 1980 г.
В настоящее время Институт является ведущим геологическим научно-исследовательским центром в Казахстане.
