Полномочия Президента Республики Казахстан Н. А. Назарбаева, всенародно избранного 1 декабря 1991 года, по итогам республиканского референдума 29 апреля 1995 года были продлены до 1 декабря 2000 года.
Через три года, 7 октября 1998 года Парламент Казахстана внес ряд изменений в Конституцию страны, увеличив срок президентских полномочий с 5 до 7 лет и сняв ограничения по максимальному возрасту кандидатов. Новые выборы были назначены на 10 января 1999 года. Оппозиция требовала отмены выборов, утверждая, что у парламента не было полномочий вносить поправки в действие референдума, однако в конце концов приняла в них участие.
Согласно законодательству, кандидаты в президенты, непосредственные участники обязаны были заплатить залог (30 тысяч долларов) и собрать 170 тысяч подписей. Все кандидаты с этими условиями справились.
Но одному из кандидатов Центризбирком решил отказать в регистрации. Бывший премьер-министр Казахстана, а позже политик-оппозиционер Акежан Кажегельдин участвовал в работе учредительной конференции «За честные выборы», что председатель ЦИК Загипа Балиева прокомментировала следующим образом: «если на человека в течение года перед регистрацией налагалось в судебном порядке административное взыскание за умышленное правонарушение, то он не может быть зарегистрирован кандидатом в президенты или депутаты любого уровня». Верховный суд Казахстана утвердил это решение избиркома.
На выборах были представлены четыре кандидата на пост Президента. Помимо действующего Президента Нурсултана Назарбаева, был лидер коммунистов и бывший председатель Верховного Совета Казахстана Серикболсын Абдильдин. Предвыборная кампания коммунистов проходила в условиях ограниченных материальных средств партии. Тем более, что сам кандидат грозил снять свою кандидатуру, если в избиркомы не будут включены представители оппозиции. В итоге коммунист набрал 12% голосов.
Третьим кандидатом на пост был генерал, председатель Таможенного комитета Казахстана Гани Касымов. Избиратели до сих пор помнят его предвыборное телеинтервью, во время которого он выплескивал воду из цветочной вазы в лицо журналисту или же так сжимал рукой стакан, что размалывал его на мелкие осколки. На пресс-конференции накануне выборов Гани Касымов позволял себе критичную оценку работе парламента и правительства, а также сетовал на журналистов, делавших упор на эпатаж в обход его плану экономического развития страны. Г. Касымов сумел набрать порядка 4% голосов избирателей.
Последним кандидатом стал Энгельс Габбасов, член Союза писателей Казахстана, автор десяти повестей и сборников рассказов. Во время предвыборной кампании Энгельс Габбасович особенно сокрушался по поводу экологической обстановки в Казахстане как следствие использования космодрома «Байконур» и ракетных полигонов «Капустин яр». Кроме этого, он рассказывал о своих успехах в предсказании погоды и о любимых писателях Мухтаре Ауэзове и Льве Толстом. Энгельс Габбасов набрал 0,7% голосов.
Предвыборная кампания кандидатов шла в период жесточайшего финансового кризиса в стране, но тем не менее сработала на «ура»: выступления баллотирующихся постоянно крутились на самых главных телеканалах страны, изречения перепечатывались в газетах, а портреты и плакаты висели на каждом перекрестке. Но и это не все – в рамках предвыборной кампании в Казахстан с концертами приезжали звезды российской эстрады, в т.ч. Алла Пугачева, Вахтанг Кикабидзе, Лайма Вайкуле, группа NA-NA и другие. Российский режиссер Никита Михалков организовал всемирную премьеру кинофильма «Сибирский цирюльник» в Алматы. Нельзя не отметить, что в популяризации выборов в стране вклад вносили даже космонавты: так, Сергей Капица с помпой вручил Нурсултану Абишевичу знамя мира, побывавшее в космосе.
Если сравнивать частоту эфира кандидатов, то тут несомненным лидеров был Нурсултан Назарбаев. Слоган «Вечерней Алматы» «Поднимайся утром рано, голосуй за Нурсултана!» еще долго была на устах казахстанского народа. Что касается телевидения, то цикл передач «Пять вечеров с Нурсултаном Назарбаевым» сменялись новостями о достижениях страны за последние годы. Так, хорошо запомнилась новость, в которой акушеры страны рапортовали о повышении рождаемости в стране.
Официальные данные свидетельствуют о том, что в штабе кандидата Н. Назарбаева работали 500 человек. Гани Касымов признался, что его кампания по выдвижению в президенты страны стоила немногим более 130 тысяч долларов или чуть больше 2 долларов за каждый голос.
После оглашения итогов выборов сильно сокрушался лидер Коммунистической партии Казахстана. По его словам, в четырех областях страны перевес был в его сторону, а значит необходимо было проведение второго тура.
Таким образом, Нурсултан Назарбаев избирается Президентом Республики Казахстан на семилетний срок в результате альтернативных президентских выборов 1999 года. Инаугурация президента страны прошла 20 января в Конгресс-холле в Астане. В тот день в рамках церемонии инаугурации Нурсултан Абишевич пешком прошел путь от служебного кабинета в старой резиденции до здания Конгресс-холла, где получил удостоверение президента из рук председателя Центральной избирательной комиссии Загипы Балиевой.