Молодого способного человека заметил Алихан Букейханов и еще в 1914 году порекомендовал его в Госдуму России. Позже Мустафа Шокай получил возможность выставлять свою кандидатуру на голосование в выборах депутатов Башкирии, вместе с тем защищая интересы казахского населения. В Думе молодой депутат познакомился с другими мусульманами, пребывавшими на высоких государственных должностях. Он подружился с Ахмадом-Заки Валиди, который потом стал председателем Башкирской автономии. Ахмада Валиди тоже волновала судьба всех тюрков.
Вскоре после большевистской революции Мустафа Шокай эмигрировал из страны. Шокай вел борьбу против большевиков в Баку, а затем в Тбилиси, надеясь сохранить связь хотя бы с другими тюркскими народами. Он перебрался в Париж через Турцию в 1921 году.
За рубежом он продолжал вести работу по обличению политиков СССР, критиковал установившийся государственный режим через газеты «Новый Туркестан», «Молодой Туркестан».
Мустафа Шокай был лидером среди тюркских эмигрантов. Когда нацисты приступили к реализации своих захватнических планов, они стали набирать штаб сотрудников, которые лучше всего бы справились с поставленными задачами на местах. На каждом географическом пункте должен был находиться такой человек, который прекрасно знал территорию, культуру местного населения. Согласно их планам территория современного Казахстана должна была войти в Гросс-Туркестан, и Мустафе Шокаю предложили сотрудничество.
В начале войны в Париже нацистами были захвачены все заметные эмигранты и переведены в замок Компьен. Среди них был и Мустафа Шокай. Через пару недель его вывезли в Берлин, где вели переговоры, предлагая руководство Туркестанским легионом. В некоторых исследованиях даже утверждается тот факт, что идея создания Туркестанского легиона принадлежала Мустафе Шокаю. Это объясняется двумя причинами: его противостоянием Советской власти и желанием облегчить участь военнопленных-соотечественников.
Советские военнопленные содержались в ужасающих условиях, а принцип руководителей считать всех пленных «врагами народа» приводил к тяжелым последствиям. СССР не участвовал в ратификации Гаагской и Женевской Конвенции «О содержании военнопленных» (27 июля 1929 года), что оказалось губительным для огромного количества советских солдат, попавших в плен. Многие пленные отчаивались и не надеялись спастись, другие погибали от голода и изнурительной работы, иногда во время попыток к бегству. Советские военнопленные из СССР были лишены права на медицинскую помощь, поддержку международного Красного Креста. Руководство Советского государства отвернулось от своих граждан, прикрепив к ним ярлык «предателей». Таким образом, неприятие советской власти и сочувствие к людям, погибающим в плену, могли бы сподвигнуть Мустафу Шокая принять участие в работе Туркестанского легиона.
Мустафа выдвинул нацистам собственные условия:
1. Подготовить кадры для будущего Туркестанского государства в учебных заведениях Германии;
2. Создать из числа своих пленных соотечественников военные формирования, которые должны быть использованы только при подходе к границам Туркестана.
Таким способом он пытался хоть как-то облегчить участь военнопленных. Использование армии только при подходе к границам Туркестана мотивировано тем, что Шокай надеялся провести и обмануть фашистов. У границ Туркестана армия могла повернуть штыки против своих руководителей. Армия в ключевой момент должна была поднять национально-освободительное движение, поддержанное единомышленниками в Туркестане. Таким способом пленники-легионеры освободились бы от гнета двух диктаторов: Гитлера и Сталина.
Но план Мустафы Шокая не удался. Немцы не могли позволить им такой свободы действий.
В связи с вопросом об участии Мустафы Шокая в организации Туркестанского легиона часто мелькает имя Вали Каюм Хана (Велихана). Вали Каюм Хан – узбек по происхождению и по некоторым данным хороший друг Мустафы Шокая. В конце 20-х годов XX века они совместно выпускали газету «Яш Туркестан». Вали Каюм Хан стоял во главе «Туркестанского национального Комитета», посредством которого фактически и был создан Туркестанский легион.
Многие из вступивших в ряды легиона старались при первой возможности перейти на сторону Красной армии. Отток военнопленных стал происходить в декабре 1942 года, то есть задолго до окончания Второй мировой войны.
О том, что председателем «Туркестанского комитета» был Мустафа Шокай, свидетельствовал один из легионеров, Сейтмуратов, который сумел перейти из немецкого плена на советскую сторону. Но Мустафа Шокай умер в конце декабря 1941 года, поэтому он не мог принимать непосредственное участие в создании легиона.
Вокруг внезапной смерти общественного деятеля тоже ходило немало разных слухов и догадок. Говорили, что после посещения им военнопленных в тюрьме он заразился тифом. Другие были уверены, что его намеренно отравили, так как присутствовали похожие симптомы. Кроме того, жена Мустафы Шокая Мария Горина утверждала, что ее муж уже болел тифом и у него должен был выработаться иммунитет. В отравлении подозревали бывшего сподвижника и «друга» Шокая – Вали Каюм Хана. Эту задачу могло ему поручить немецкое руководство, после того как поняло, что Мустафа Шокай преследовал свои цели, расходящиеся с их планами.
22 декабря 1941 года был подписан указ о создании национальных легионов. Набор в легион осуществлялся методом кнута и пряника. Некоторых жесткими мерами вынуждали присоединиться к Туркестанскому легиону, с другими вели идеологическую работу, разъясняя выгоды от вступления в легион. Так, в немецкий отряд заманивали с помощью предложений, создававших иллюзию предоставления независимости народам, с сохранением национальной и религиозной идентичности. В действительности пленные обособлялись от Советского государства и подпадали под влияние Германии. На формах легионеров были вышиты эмблемы с изображением мавзолея Ходжа Ахмеда Яссауи и надписью «С нами Аллах!».
В Легионе все пленные в соответствии с их национальным происхождением распределялись по частям. Для проведения различных общественных мероприятий приглашали мулл. Организаторы вели всестороннюю агитаторскую работу. Германия позиционировала себя освободителем тюркских народов, говорила о том, что оказывает помощь народам Востока. Немцы запугивали легионеров расстрелами, в случае попыток перехода на сторону Красной армии.
Но несмотря на все усилия фашистов, побеги из легиона продолжались, они носили индивидуальный и групповой характер. На Родине все пленные были объявлены предателями.
С обретением Казахстаном независимости стала доступна историческая правда, тщательно скрываемая в период советской системы. В связи с этим, заслуживает внимания деятельность профессора Абдуакап Кара, исследовавшего жизнь и деятельность известного представителя казахской интеллигенции Мустафы Шокая. Абдуакап Кара, будучи сотрудником радио «Азат» в Европе, начал работу по исследованию личности Мустафы Шокая и внес свой неоценимый вклад, введя в научный оборот многие неизвестные факты из его жизни и деятельности.
Позже в 2002 году им была завершена докторская диссертация под названием «Мустафа Шокай и Центральная Азия на пути борьбы за независимость Тюркской Республики». Профессор Абдуакап Кара считается одним из самых авторитетных и маститых зарубежных «шокаеведов». Ему принадлежит монументальный биографический труд «Türkistan Ateşi Mustafa Çokay'ın Hayatı ve Mücadelesi».