Қазақстанның өткен тарихын зерттеген ғалымдар күні кешеге дейін мұнда моңғол шапқыншылығынан кейін қалалық тіршілік үзіліп, тек бірнеше қалалар ғана қалды деп тұжырымдап келді, бұл орайда олар кезінде гүлденген отырықшы өмір мен қала мәдениеті туралы тамсана жазды. Расында да, моңғол шапқыншылығы Жетісудағы – Іле мен Талас өңіріндегі қалалардың дамуына алапат зиянын тигізді. Бірақ Сырдария мен Қаратау бойындағы қалалардың тағдыры бұған қарағанда өзгеше сипат алды. ХІІІ ғасырдың басында өртенген, тоналған бұл қалалар ХІІІ ғасырдың аяғында және XIV ғасырда қайта қалпына келтіріліп, қолөнер мен сауданың маңызды орталығына айналды, ал XVІ- XVІІ ғасырларда қазақ хандарының ордасы болды. XVІ ғасырдан бастап бұл қалалар Орта Азиядан Сырдария алқабы мен Қаратау асуы арқылы Ресейге өтетін керуен жолының бойында зор маңызға ие болды, өйткені Ресей ол кезде ортаазиялық және қазақ хандықтарының басты сауда серіктесіне айналған еді. Жалпы алғанда, Қазақстанда  XVІІ- XVІІІ ғасырлар аралығында қала тыныс-тіршілігінің салтанат құруына сауданың өзіндік орны ерекше болатын.

  Археологтардың барлау жасаған сапарларының арқасында Сырдарияның сол және оң жағалауынан, Бөген және Арыс жазықтарынан, Түркістан алқабынан, Қаратаудың солтүстік және оңтүстік қыраттарынан кейінгі ортағасырлық ондаған қалалар мен қоныстарды табуға қол жеткізілді. 

  XV ғасырдың жазба мәліметтеріне қарағанда, Отырардан онша қашық емес жерде Шілік қонысы орналасқан. Бұл барлық белгілері бойынша, Отырардан бес фарсах қашықтықтағы қоныс. Шілікпен қатар Оңтүстік Қазақстанның ортағасырлық ірі қалаларының бірі Бұзықтөбенің үйіндісі орналасқан: тек оның орталық үйіндісі биік жазық дөң түрінде көзге шалынады. Дөңнің ұзындығы солтүстіктен оңтүстікке қарай 150 м және шығыстан батысқа қарай 300 м болып созылып жатыр. Бекініс қабырғаларының шөгінділері мен қаланың аумағында жиналған керамиканың сынықтарына қарағанда, Бұзықтың іргесінің қалануы бірінші ғасырдан бастау алады. XV ғ. Қала өзінің өмір сүруін тоқтатқан, бұл фактіні XVІ- XVІІ ғ.ғ. жазба деректерде Шілік атауының бұдан әрі кездеспеуін дәлелдейді.

  Деректер кейінгі ортағасырлық Түркістанды ірі экономикалық округтің орталығы болды деп атайды. Сондай-ақ оның айналасында көптеген қоныстардың болғанын еске салады, оның ішінде неғұрлым белгілі Қарашық, Қарнақ, Йунка және Сура тәрізді атаулар бар. Қарнақ Ахмет Йассауи кесенесіне арналған тайқазан құйылған орын екені белгілі. Түркістанның солтүстік жағындағы 25 шақырым жердегі Атабай селосына қаланың болған жері сәйкес келеді. Бұл село жақын кезеңге дейін өзінің ежелгі қала атауын сақтап, Қарнақ деп аталып келді. Қала Ишкан (ескі қала) деп аталады. Бұл дөң қазіргі жүргізілген құрылыстармен қатты бүлінген, бірақ ортағасырлық қаланың топографиясы сақталып қалған.

  Қарашық, Сура және Йунка Хафиз Таныштың шығармаларында Ишкан қаласынан күндізгі өту кезінде кездескен қалалар ретінде суреттеледі, оның орналасқан жері жақсы белгілі, өйткені онымен аттас елдімекен сақталып қалған. Қарашық сонымен қатар XVІІ ғ. Орыс жазба деректерінде келтіріледі. Оған сүйенсек, ол Түркістаннан 5 шақырым жерде, Сібірден Орта Азияға баратын керуен жолының бойында орналасқан.

  Қарашық атауы аймақтың гидронимикасында сақталған: осындай атты өзен Түркістан маңында бар, оның жағасынан бірнеше ежелгі егін шаруашылығымен айналысқан қоныстар және ортағасырлық қалалар табылды. Оның бірі ІІ Төрткөл деп аталады. Оған кейінгі ортағасырлық қалалардың өзіндік ерекшелігі бар топографиясы тән. Сондай-ақ одан XV- XVІІІ ғ.ғ. керамикалары көп кездесті. Қала Қарашық өзенінің сол жағалауында, Түркістанның солтүстігіне таман 8 шақырым жерде орналасқан. Бұл тікбұрышты екі дөңнен тұрады, оның топографиясына қарағанда, көшелердің, қала орамдарының, бекініс қабырғалары мен ондағы мұнаралардың іздері байқалады. Көптеген керамикалық шлактар, жарамсыз ыдыстардың сынықтары, сайып келгенде ежелгі қыш-құмыра жасаушылардың орамдары қай жерде орналасқанын айқындауға мүмкіндік береді: олар өзен жағасында, суға жақын жерде орналасқан Қарашықтың ІІ Төрткөл қаласы екендігіне күмән туғызбайды.

   Қарашыққа жақын маңда Йунка қонысы бар. Оған Түркістаннан онша алыс емес жерде орналасқан қала орны сәйкес келеді, бұл Түркістанның солтүстік – шығысына таман 15 шақырым жерде жатқан Жойнақтөбе қаласы дегеніміздің өзі, сірә, сол болса керек. Қаланың орнын ішінара Шерменсай өзені шайып кеткен, қазба қимасынан жиналған материалдарға қарағанда, бұл бірінші ғасырларда пайда болып,  XVІІІ ғасырға дейін гүлденген, мұны сол кезеңге тән жылтырақ керамикалардың табылуы дәлелдейді. Батысқа қарай 40 шақырым жерде ірі қала Сауран орналасқан. Оның шөгіндісі әлі жақсы сақталған.

  Қазақстанның кейінгі ортағасырлық тарихында Сырдарияның сол жағалауындағы қалалардың маңызы зор. Жазба деректерде Сүткент, Құджан, Аркөк, Аққорған және Өзкент қалаларының атауы келтіріледі.

  Құджан (Қуған) орнына Балтакөл поселкесінің оңтүстік шетіндегі Қуған ата қалашығы сәйкес келеді. Бұл дөңгеленген жобадағы биіктігі 8-10 м, диаметрі 170 м, периметрі бойынша мұнаралары бар қоршалған қабырғалы төбе. Бір шақырымға дейінгі радиус шамасында жекелеген үй жайлар мен шағын елді мекендер болғаны байқалады. Табылған керамикаға қарағанда, қаланың жоғарғы қабаты XVІ-XVІІІ ғ.ғ. кезеңіне жатады. Бұл кезең Йасы мен Бұхар шығарған теңгелері табылған қалалардың жоғарғы қабатына сәйкес келеді.

  Аркөк XV- XVІІ ғ.ғ. тарихшылары мейлінше мұқият сипаттаған қоныс ретінде бұрыннан белгілі. Ол Сырдариядан фарсах қашықтықта орналасқан, оның аумағы онша үлкен болмаған әрі күшті бекінісі бар, егін шаруашылығымен айналысатын бай қоныс атанған, сондықтан оны «басқа бекіністерді алуға қажетті кілт» деп атаған. Аркөктің Мұхаммед – Шейбани билік еткен кезінде атағы шықты. 1509 жылы осы ханның қазақ әскерлеріне жасаған жорығы тығырыққа тірелді, яғни азық-түліктері мен жем-шөбі таусылды. Жолда Аркөк кездесіп, оның тұрғындары әскерді қажетті барлық нәрсемен толық қамтамасыз етті. Бұл қоныстың байлығы Шейбаниді таңғалдырды. Шежіреші осы бір көріністі былай деп сипаттаған: «Бұл өзі мейлінше таңғаларлық іс болды, өйткені, егер мұндай әскер Мәуереннахр, Қорасан, Ирак және Әзірбайжан жерлерінің үлкен бөлігі арқылы өткен болса және ол бір айға азық-түлік қамтамасыз етсе, ол астықты іздеп табу кезінде жазалар мен қорлаудан халықтың көбі жапа шегіп, кедейленіп, қырылуы мүмкін еді. Әскер өзінің қажеттіліктерін қамтамасыз ете алмас еді. Ал ондай қоныстар өзінің дамып, өркендеуінен жұрдай болар еді, тіпті арада ұзақ уақыт өтсе де бірде-бір округінде ешкім де егін сала алмас еді...». Шейбани Аркөк туралы мынадай сөздерді бекер айтпаса керек: «Бұл Аркөк бекінісі, пайғамбар үшін Мединаның орны қандай болса, біз үшін бұл қаланың орны сондай.

  Аққорған және Өзкент қалалары күні бүгінге дейінгі сақталған топонимдері арқылы анықталды: Сырдарияның солтүстік жағалауындағы екі қала осылай деп аталады. Масуд бек Усман Кухистани «Әбілхайыр хан тарихы»  шығармасында Аққорғанды Әбілхайыр ханға Сығанақ, Созақ, Аркөк тәрізді өз еркімен берілген қалалардың қатарына жатқызады. Бұл қала XVІІ ғ.ғ. орыс деректері бойынша белгілі. «Үлкен сызба кітабында» Аққорған Жанақорғаннан 70 шақырым және Сайрамнан 110 шақырым жерде орналасқан.

  Аққорған қаласы Сырдариядан 4 шақырым жерде орналасқан. Бұл трапеция пішінді екі үлкен қабаттан тұратын дөң, жан-жағы әлемнің төрт жағына қаратылған. Қаланың ең биік бөлігінің мөлшері 150*110 м, жалпы үйіндінің бетінен 6 м биіктікке орналасқан. Қаланың бұл бөлігі мұнаралары бар қабырғалармен қоршалған. Биіктетілген бөліктің айналасында тегіс дөң түріндегі үйінділер жатыр. Оның жақтарының мөлшері: шығысы -210, батысы-240 және оңтүстігі -230 м. Қаланың айналасына ор қазылған. Бұл ескерткіш табылған материалдарға қарағанда ХІІІ - XVІІІ ғ.ғ. кезеңіне жатады.

  Күлтөбе шахристанның төртінші бөлігін ашқан қазба жұмыстары нәтижесінде көше орамдары, олардың арасындағы көшелер, тұрғын үйлер табылды. Қаратаудың тасы Қарақұрын құрылысшыларына үй қыбырғаларын тастан немесе тас қосылған шикі кірпіштен қалауға мүмкіндік берген. Бұл үйлер отырарлық үйлерге ұқсас екендігі анықталды: онда міндетті түрде тандыры бар бөлмежай болады, тандырдан сәкі ішімен түтін жолы жүреді. Ол қабырғадағы тіке мұржаға барып қосылады. Тандырдың қасында ташнау бар, оның бет жағы қалың – қалың тас тақталармен қаланған. Үйде тандыры бар бөлмежайдан басқа шаруашылыққа арналған бөлме бар.

  Бұл қала бір қарағанда Отырардың провинциялық үлгісі болып табылады. Отырар қала болса, ал Қарақұрын Қаратаудың түкпіріндегі егін шаруашылығымен айналысатын қоныс. Қазба жұмыстары кезінде қолдан жасалған ыдыстардың көптеген түрлері табылды. Бұл – көшпелі тұрмысқа тән қазандар, қыш құмыралар. Ал Отырарда мұндай ыдыстардың аз кездесетіні таңғаларлық. 

Баласағұн – Шу өзені бойында болған, мәдениет пен өнердің көптеген оқымысты өкілдерін өрбіткен жер. Баласағұнда «Диуани лұғат-ат-түрік» авторы Махмут Қашғари еңбек еткен. Ұлы Омар Һайям тұстасы, ХІ ғасырдың ғажайып ақыны, дүние жүзіне белгілі «Құдатғу білік» авторы Хас Хажип Жүсіп Баласағұнда туған. 

  Баласағұн қаласы туралы азды-көпті тарихи деректер ортағасырлық ғалымдардың, саяхатшылардың еңбектерінде кездеседі. VII ғасырдың соңы мен ІХ ғасырдың басында өмір сүрген Хорезм жерінде дүниеге келген Мұхаммед Ибн-Мұса әл-Хорезми (ІХ) өзінің дүниежүзілік географиялық картасында Шу, Талас, Жетісу өңірлеріндегі түркі қалалары туралы сөз қозғаған және де оларды картаға түсіріп, координаттарын белгілеген. Солардың ішінде Баласағұнды да дәл көрсеткен. Х ғасыр аяғы мен ХІ ғасырдың бірінші жартысында өмір сүрген, Хорезм елінің ұлы ғалымы Әбу – Райхан Бируни жасаған дүние жүзінің географиялық картасында Баласағұнды 91º 30′бойлықта, 44º 40′ендікте орналастырған, Таластың 89º 50′бойлықта, 43º 5′ ендікте жатқанын көрсеткен.

  Махмұд Қашқари өзінің дөңгелек картасында Баласағұн қаласы жетінші климатта орналасқанын көрсетіп, Талас қаласының шығыс-солтүстігінде орналасқанын жазған. Ертедегі орта ғасырда, мұсылман дүниесінде карта сызғанда, Меккені орталығы етіп алып келген болса, ал Махмұд Қашқари өзінің картасында Қашқар қаласын орталық етіп алып, картаның Батыс Түркістан жағының орталығын Баласағұн қаласы етіп белгілеген. Кейінгі кездегі шығыстанушы кейбір ғалымдар Махмұд Қашқаридің картасын сызудағы кіргізген жаңалығы заңды құбылыс екенін атаған.

  М. Қашқари «Түрік сөздігінде» Ұлы жібек жолының солтүстік желісінің бойындағы қалалар мен елді мекендер, асулар сияқты орындарға сондай-ақ Баласағұн туралы мәлімет бере келіп: «Арғу: екі таудың арасы.Тараз бен Баласағұн арасындағы шаһарларды «Арғу» дейді. Өйткені ол жерлер екі тау арасында жатыр», - дейді. Қазірдің өзінде де, Ақтөбе (Баласағұн) қаласының орны екі таудың арасында орналасқаны байқалып тұр. Оның солтүстік шығысында Жайсан тауы, оңтүстігінде Қырғыз Алатауы жайласқан.